Die Gesundheitsholding Werra-Meißner GmbH wurde im Jahr 2004 von dem Werra-Meißner-Kreis und dem Zweckverband Kreis- und Stadtkrankenhaus Witzenhausen gegründet. Eine der wesentlichen Aufgaben der Gesundheitsholding ist das Führen und Steuern der Krankenhäuser sowie die Entwicklung weiterer moderner Versorgungsstrukturen mit dem Ziel, träger- und strukturübergreifender Lösungen für den Werra-Meißner-Kreis.

Die Klinikum Werra-Meißner GmbH mit den Standorten Witzenhausen und Eschwege entstand 2010 nach der Verschmelzung der Kreiskrankenhaus Eschwege GmbH und der Kreis- und Stadtkrankenhaus Witzenhausen GmbH. Die Klinikum Werra-Meißner GmbH wird als kommunales Plankrankenhaus mit eigener Rechtspersönlichkeit (GmbH) geführt und mehrheitlich von der Muttergesellschaft Gesundheitsholding Werra-Meißner GmbH gehalten. Gesellschafter der Gesundheitsholding Werra-Meißner GmbH sind zu 86,7 % der Werra-Meißner-Kreis und zu 13,3 % die Stadt Witzenhausen.